用于消毒的過濾分為膜過濾和慢砂過濾兩種。膜過濾根據所用膜的不同, 又分為反滲透、高、極細、超和微濾等。反滲透過濾可以濾除溶液中的所有離子,因此主要用作消毒水源,包括消毒收集的雨水。

1、高濾或微濾雖然從原理上可以濾除病菌,但生產上使用成本較高,而且由于堵塞或破漏造成性能不穩定,也會濾掉部分鹽分積累的營養液。

2、慢砂過濾的原理是,浮于砂層上部的營養液慢慢滴過砂層,濾除病菌。這種方法不會改變營養液的化學組成。慢砂過濾可以消滅所有疫霉屬和腐霉屬的真菌,但鐮刀菌、病毒和線蟲只能去除90% ～ 99. 9%。

3、慢砂過濾使用的過濾介質不僅有砂,還可以用珍珠巖、粒狀巖棉、玻璃絲、礫石等。研究發現, 滅菌效果較好的過濾速度是100～ 300L / ( m2· h) 。

4、慢砂過濾的具體步驟是,回收的營養液被泵到高處的容器里,然后流入過濾器上部,經過過濾層的過濾,營養液流過控制過濾速度的流量計,重新收集使用。